滋賀県立高専に設置する学科は、工学系の総合学科の1学科の中に、機械系、電気電子系、情報技術系、建設系（環境・インフラ系）の４つのコースを設定します。
※コース名は今後決定予定
 第1学年では全学生が情報技術の考え方を基盤として学び、第2学年次以降、4つの専門コースに分かれ、1クラス30人程度の少人数で専門知識・技術を深めます。